中央

明朝时为了进一步集权而不设宰相、中书省等机构，宰相的权利转移到内阁，由内阁来处理国家政务。清朝继承了这一做法，内阁的首辅大学士以及协办大学士都被称为中堂，即宰相的别称，但实权则由军机处掌握，在军机处任职的官员称为军机大臣，统称大军机，军机大臣的僚属称为军机章京，又称小军机。

清朝沿袭明朝传统，设六部(吏、户、礼、兵、刑、工)，各部长官(管部的大学士及尚书、侍郎等)称堂官，部下属各司的郎中、员外郎、主事以及主事一下的七品小京官称为司官。在六部之外和六部并立的中央行政机构有：大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺、国子监、钦天监、翰林院、太医院、理藩院、宗人府、詹事府、内务府。

清朝沿袭明代设监察院，左都御史、左副都御史为监察院长官，右都御史、右副都御史则为总督、巡抚的加衔。

　　中枢部          内阁 | 军机处 | 六部

　　佐理部 　　都察院 | 大理寺 | 理藩院 | 翰林院 | 通政司 | 国子监 | 钦天监

　　皇室部 　　宗人府 | 内务府 | 詹事府 | 太常寺 | 光禄寺 | 太仆寺 | 鸿胪寺 | 太医院

清代中央政制演变

清代中央政制继承明代内阁执行政务，但後由军机处剥夺其权。所有满汉成员虽较明代地位较高，但一如明之下的六部，只有处理和执行政务权，并严禁中官用事，有犯者凌迟处死。满洲自1616年建女真部，至1644年入关仍由集体议政方式进行决定国家政令，此种形式一直至清初不改。

太宗天聪三年，进一步中央集权，以三院六部取代传统集体议政制。

祟德元年改为内三院(内国史院、内秘书院、内弘文院)，各设大学士一人。

内国史院掌记注诏会、编纂史书、撰拟表章，内秘书院掌撰外国往来文书及中央诏会、祭文；内弘文院掌历代善恶记注，侍读皇子，教导诸亲王。

三院中尤以内秘书院所管事务较近内廷，权力庞大。三院品秩虽低於六部，但由於近在内廷，故权势已超出六部之上。内三院、六部都察院、理藩院在中央合称二院八衙门。顺治十五年(1658年)， 内三院由内阁取代，别置翰林院，由内阁大学士兼殿阁职衔，共四殿二阁。

四殿为中和殿、保和殿、文华殿、

二阁为文渊阁与东阁，乾隆改为三殿三阁(取消中和殿加体仁阁)後便成定制，置内阁大学士四人，满汉各二，正一品，首撰由满人担仕，地位在尚书之上。雍正时大学士增至六人，协办大学士二人，满汉各一或二人。

内阁制度成立，但权力由皇帝掌握，及内阁权重，皇帝为了专权，又以南书房、军机处以代之。

康熙十六年命侍讲学士张英、中书高士奇等入乾清宫门外设置办公室称为「南书房行走」。其意乃笼络知识份子，承帝意拟写谕旨发布政令，如赵翼所言:「凡撰述谕旨多属南书房，诸臣非特供奉书画，赓和诗句而已，地既亲切，权势日崇」後西北用兵，雍正七年与准噶尔作战，军情机密，内阁位在太和门外，机密易於外泄，故设军需房於隆宗门内，从内阁中亲选谨密者入值，後改军机处。雍正十一年给与军机处印信。

乾隆初立，尝罢军机处，改设「总理事务处」，後以西北军务未完成，复设军机处，至嘉庆时修会典，正式把军机处列入正式机关。光绪三十二年(1906年)改定官制，设外务、吏、民政、度支、礼、学、陆军、农工商、邮传、理藩、法等十一部。宣统二年(1910年)，资政院以军机大臣责任不明，请设责任内阁以符名实，宣统三年废除军机处，设立责任内阁，由军机大臣奕匡任内阁总理。

由雍正七年至清末立宪运动，各省请愿要求开国会，组织责任内阁制，清廷於宣统三年(1911年)下令撤裁旧有内阁、军机处为止，军机处实执政达一百八十余年之久。

军机处乃因事而设，事平未改，并无官署尊官。成员由皇帝从满、汉大学士、尚书、侍郎中挑选出来，并无定员，全为兼职，设领班一人，称首席军机大臣，下有军机章京、军机行走等成员，按表现者逐级上升。

其职权为每天进宫，根据皇帝起草诏令，处理官员上奏奏章、文书，其初只管军事及後军国大事无所不管，自雍正後一百八十年间「威命所寄不於内阁而於军机处，盖隐然执政之府矣。」《清史稿》其诏令密封，每不经内阁、部院，直接下达地方督抚，地方督抚亦可由军机处大臣，直达其奏摺於皇帝。

而大臣与章京间虽有上下之别，但并无从第之分，亦可避免朋党之生。总言之，军机处权主在满，在皇帝手中「乾纲独断」，大臣只是承帝旨做事，由皇帝直接管理地方督抚，皇帝之权力较之明更为至高无上。

满清以异族政权统治中原，故持有甚深的部族政权私心以牢固控制其统治，在六部制方面，尚书满汉并置，以满尚书为一部之首，侍郎亦满汉参半，此种措施便是要达到其部族统治政权得以巩固之用心。 此外，满清设理藩院管理藩属，为六部以外最重要的机关，咸丰十年(1860年)特设总理各国事务衙门主持外交事务，由亲王大臣主领，至1901年辛丑条约既成始改为外务部。